Los orígenes del fútbol en Irún se remontan a 1902, año en el que se fundó el Irún Football Club. Aunque, con el fin de dar cabida a otros deportes, en 1907 esta sociedad cambia su denominación por la de Irún Sporting Club.

En 1908, como consecuencia de una escisión en el seno del Sporting, un grupo de socios se dan de baja del mismo y fundan el Racing Club de Irún, el cual logró en 1913 la Copa del Rey. Al existir una tremenda rivalidad entre los dos conjuntos irundarras se logró en 1915 unir a ambos en un solo equipo, de ahí la denominación de Unión Club. En la fusión intervino el Rey Alfonso XIII, quien concedió al nuevo Club el título de Real.

El Real Unión se convirtió en uno de los equipos más brillantes del estado durante las tres primeras décadas de este siglo. Durante esta época, logra en 1918, 1924 y 1927 la Copa del Rey, siendo subcampeón en 1922. Estos años conforman las páginas de oro del equipo, que llegó a tener en sus filas a jugadores como René Petit, Egiazabal, Vázquez y Arabolaza en la selección nacional. Este último fue el jugador que marcó el primer gol en la historia de la selección española: ocurrió en los Juegos Olímpicos de Amberes en 1920.

El Real Unión Club es uno de los fundadores del Campeonato Nacional de Liga en 1929, junto al Barcelona, Real Madrid, Athlétic de Bilbao, Real Sociedad, Arenas de Getxo, Athlético de Madrid, Español, Europa y Racing de Santander.

El guardameta Emery recibió, desafortunada-mente, el primer gol de los que se han marcado en la historia de la Líga . El tanto lo marcó el internacional españolista Prat el 10 de febrero de 1929, en el recientemente demolido Estadio de Sarriá.

La época de esplendor comenzó a apagarse cuando a principio de los años 30 el profesionalismo invadió el fútbol y los todopoderosos equipos se hicieron con los servicios de las estrellas del Real Unión. Desde entonces, el caminar del equipo ha transcurrido por diferentes categorías, desde la Regional a la Segunda División.

Durante estos años, el club blanquinegro ha dado jugadores internacionales como Roberto López Ufarte o Javier Irureta.